Rosetta 是计算结构生物学领域最强大的分子建模与设计套件之一,但由于其复杂的依赖环境,编译安装对新手极不友好。本教程将带你通过 Docker 的方式,一键部署官方最新版 Rosetta,并完成你的第一个结构优化任务...
生物信息
[MMPBSA]深入解读 gmx_MMPBSA 计算结果:从焓、熵到残基分解的结构化解析
在使用 gmx_MMPBSA 完成结合自由能计算后,gmx_MMPBSA_ana 会输出一个树形结构的结果汇总。该结构严格按照热力学函数的构成进行组织,涵盖了焓变(ΔH)、熵变贡献(-TΔS)、结合自由能(ΔG)以及基于残基的能量分...
[DSSP]libdssp 健壮优化:异常错误处理与防御性的优化
在生物信息学领域,DSSP 是计算蛋白质二级结构的黄金标准工具。libdssp 作为其 C++ 库实现,允许开发者在自己的程序中嵌入 DSSP 算法。然而在实际集成过程中,我发现该库在异常处理和线程安全方面存在一些隐患,...
Linux安装多个版本的动力学模拟Gromacs工具
由于gromacs动力学模拟工具无法向上兼容,当遇到版本问题时,我们需要在Linux环境下面安装多个版本的gromacs进行动力学模拟。首先我的Linux系统上已经安装了25版本的gromacs,我继续安装24版本的gromacs,其实就...
