前言 在gromacs动力学中,原始轨迹文件(.xtc/.trr)因周期性边界条件(PBC)和整体平动/转动的存在,无法直接用于定量分析或可视化。本文介绍三类核心预处理方法,分别针对连续轨迹、结构叠合和可视化需求,并明...
[Conda]环境激活钩子作用与应用
问题引入: 在研究Gromacs的数据分析时,需要用到gmxMMPBSA,需要在conda中创建环境,我在Linux中创建的环境,想要通过mobaXterm实现X11转发,将gmxMMPBSA的数据分析窗口从Linux转发到其他电脑进行分析,但是发现...
[GROMACS]氢键分析工具的版本迭代:“-life”等参数的消失
引言:一次意外的发现 “为什么我的GROMACS没有gmx hbond中的-life参数?” 当我在Windows终端中输入gmx hbond -h,仔细翻看帮助文档中每一个参数,却始终找不到期待已久的-life选项时,一种困惑油然而生。氢键寿命...
[C语言]数组循环位移三种算法–实现与原理
一、问题引入 我们目前有一个一维的数组序列,其中有n个整数(并非绝对,同样可以为字符串,例如基因序列的分析),要求把下标从0到p(包含p,p小于等于n-1)的数组元素平移到数组最后。 这是一道很明显的数组循...
Linux安装多个版本的动力学模拟Gromacs工具
由于gromacs动力学模拟工具无法向上兼容,当遇到版本问题时,我们需要在Linux环境下面安装多个版本的gromacs进行动力学模拟。首先我的Linux系统上已经安装了25版本的gromacs,我继续安装24版本的gromacs,其实就...
[C++高性能计算]-CPU加速运算-CUDA程序基础例程
当我们需要进行大规模计算时,我们为了提高计算速度,必然需要GPU加速,例如进行生物信息学单细胞转录组分析时,我们需要对转录组矩阵进行上亿次的计算,如果单用GPU进行计算,速度必然难以满足需求。 对于GPU加...
WGCNA分析-生物信息学机器学习研究方法
1.概念 解释:WGCNA分析,中文全称即是加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在是寻找协同表达的基因模块,并且去找基因网络和关注的表型之间的联系,以及网络中的核心基因。简单说即用于描述不同样本中基因相关...
[C++高性能计算]-牛顿冷却定律模拟物理冷却过程
最近学习NVIDIA官方的CUDA并行计算课程,有一个很好的例子,便跟着讲解,实现了一下,即一个物体(object)随着时间逐渐冷却的模拟过程,直接使用牛顿冷却定量进行模拟,一个对象进行计算,我们使用CPU单线程即可...
C语言描述-年龄比较算法-存活数法和比较法
首先创建两个结构体,一个描述date,一个作为个体student typedef struct date { int year; int month; int day; }date; typedef struct student { char name[20]; date birthday; }student...
C语言-结构体-学生成绩录入-scanf_s()字符串输入缓存区参数问题
在学习结构体时候,在给其赋值时突然报错,详细看是scanf_s()报错了,我们来看一下是什么原因,下面是原始报错代码 #include <stdio.h> typedef struct Studt{ char id[20]; char name[20]; in...


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