在生物信息学领域，DSSP 是计算蛋白质二级结构的黄金标准工具。libdssp 作为其 C++ 库实现，允许开发者在自己的程序中嵌入 DSSP 算法。然而在实际集成过程中，我发现该库在异常处理和线程安全方面存在一些隐患，...

前言 在计算生物物理与材料科学的领域，分子模拟的空间与时间尺度始终是一对核心矛盾。全原子分子动力学（AA-MD）能够提供原子级别的更高的精度，但同时计算成本使得模拟超过微秒量级、或超过数十万原子的体系变...

前言 在gromacs动力学中，原始轨迹文件（.xtc/.trr）因周期性边界条件（PBC）和整体平动/转动的存在，无法直接用于定量分析或可视化。本文介绍三类核心预处理方法，分别针对连续轨迹、结构叠合和可视化需求，并明...

问题引入： 在研究Gromacs的数据分析时，需要用到gmxMMPBSA，需要在conda中创建环境，我在Linux中创建的环境，想要通过mobaXterm实现X11转发，将gmxMMPBSA的数据分析窗口从Linux转发到其他电脑进行分析，但是发现...

引言：一次意外的发现 “为什么我的GROMACS没有gmx hbond中的-life参数？” 当我在Windows终端中输入gmx hbond -h，仔细翻看帮助文档中每一个参数，却始终找不到期待已久的-life选项时，一种困惑油然而生。氢键寿命...

一、问题引入 我们目前有一个一维的数组序列，其中有n个整数（并非绝对，同样可以为字符串，例如基因序列的分析），要求把下标从0到p（包含p，p小于等于n-1）的数组元素平移到数组最后。 这是一道很明显的数组循...

由于gromacs动力学模拟工具无法向上兼容，当遇到版本问题时，我们需要在Linux环境下面安装多个版本的gromacs进行动力学模拟。首先我的Linux系统上已经安装了25版本的gromacs，我继续安装24版本的gromacs，其实就...

当我们需要进行大规模计算时，我们为了提高计算速度，必然需要GPU加速，例如进行生物信息学单细胞转录组分析时，我们需要对转录组矩阵进行上亿次的计算，如果单用GPU进行计算，速度必然难以满足需求。 对于GPU加...

1.概念 解释：WGCNA分析，中文全称即是加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在是寻找协同表达的基因模块，并且去找基因网络和关注的表型之间的联系，以及网络中的核心基因。简单说即用于描述不同样本中基因相关...

最近学习NVIDIA官方的CUDA并行计算课程，有一个很好的例子，便跟着讲解，实现了一下，即一个物体（object）随着时间逐渐冷却的模拟过程，直接使用牛顿冷却定量进行模拟，一个对象进行计算，我们使用CPU单线程即可...