由于gromacs动力学模拟工具无法向上兼容，当遇到版本问题时，我们需要在Linux环境下面安装多个版本的gromacs进行动力学模拟。首先我的Linux系统上已经安装了25版本的gromacs，我继续安装24版本的gromacs，其实就是所谓安装了两个不同的工具，本质是一样的。

第一步：安装 GROMACS 2024 版本

我们首先进行安装其他版本的gromacs，建议在conda环境下创建虚拟环境，搭建gromacs的构建环境。确保环境不会发生冲突。详细的conda安装gromacs请见文章： 安装gromacs 2024版本或者gromacs 2025的步骤一致，我们演示2024版本的，

1. 下载 GROMACS 2024

查看可用版本：

可以去访问gromacs的官网去查看其可用版本：https://ftp.gromacs.org/gromacs/，然后用命令下载对应版本的gromacs：

 wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2024.3.tar.gz
 wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2024.2.tar.gz
 wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2024.1.tar.gz

2. 解压并准备

解压

将下载到对应目录下面的的压缩包，进行解压。

tar xfz gromacs-2024.4.tar.gz

构建编译目录检查文件

##进入解压的gromacs目录
cd gromacs-2024.4
##创建 build 目录（和之前一样）
mkdir build
cd build

3. 配置 CMake（关键步骤）

配置安装到 /usr/local/gromacs-2024 目录，记住这里的-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2024 \，后面我们编辑环境变量的时候需要这个路径，避免与已安装的gromacs冲突，我们使用gromacs-2024安装后缀，避免覆盖掉其他gromacs版本。

cmake .. \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2024 \
    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
    -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF

4. 编译和安装

然后开始编译安装

#编译（根据你的 CPU 核心数调整）
make -j$(nproc) 2>&1 | tee build.log

# 如果编译中途中断，可以恢复
make -j$(nproc)
# 安装
sudo make install

第二步：先修改现有的 bashrc 配置

我们需要修改命令行的环境变量，将我们安装的gromacs加入到命令行的环境变量中去。

# 查看现有的 GROMACS 相关设置
grep -n "gromacs\|GMXRC\|PATH.*gromacs" ~/.bashrc
# 编辑 bashrc 文件
nano ~/.bashrc

然后滚动到文件末尾，添加以下两行（或者在最合适的位置）：

# -------------------------------------------------
export PATH="/usr/local/gromacs-2024/bin:$PATH"
export PATH="/usr/local/gromacs/bin:$PATH"
# GROMACS 多版本别名（放在现有配置的后面）
alias gmx24='/usr/local/gromacs-2024/bin/gmx'
alias gmx25='/usr/local/gromacs/bin/gmx'

# 可选：设置默认 gmx 命令（如果你想要）
# alias gmx='gmx25'  # 默认使用2025版本
# -------------------------------------------------

这里你可以选择设置默认gmx命令，但是不推荐，因为有时候可能会忘记版本，会导致运行gromacs出现版本不兼容的问题。修改完毕后，将命令行重启即可。

第三步：验证安装和配置

然后我们就成功安装了两个版本的gromacs，我们已经安装了两个版本的gromacs，我们可以检测一下。

1. 测试 2024 版本

# 使用我们创建的别名
gmx24 --version
# 应该显示类似：
# GROMACS version:    2024.4

2. 测试 2025 版本

gmx25 --version
# 应该显示：
# GROMACS version:    2025.3

3. 检查安装目录

# 查看两个版本的安装目录
ls -la /usr/local/gromacs/
ls -la /usr/local/gromacs-2024/

# 查看可执行文件
ls -la /usr/local/gromacs/bin/gmx
ls -la /usr/local/gromacs-2024/bin/gmx