WordPress 集成 KaTeX 数学公式渲染完整方案 一、为什么选 KaTeX 写数学博客绕不开公式渲染这个问题。WordPress 原生不支持 LaTeX,必须借助第三方库。主流选择有两个:MathJax 和 KaTeX。虽然已有许多插件能够实...
计算机大类
[Gromacs]核心性能梯度测试:GROMACS 多线程性能调优实验
笔者在进行Gromacs动力学模拟时发现,当我们将线程数设置成最大CPU线程数时,性能反而不如减少25%线程时候性能高,大概率是线程过高通信开销过大,因此设计了这个实验来验证笔者的想法与寻找最优线程数。分子动力...
[Gromacs]双链蛋白动力学轨迹数据分析相关问题:残基缺失和轨迹、RMSD剧烈跳跃扰动
在分子动力学模拟的后处理中,蛋白‑蛋白双链复合物体系的轨迹分析往往比单链蛋白或蛋白‑小分子体系更易出现隐藏错误。笔者在分析一组蛋白双链复合物的100 ns的轨迹时,遇到了自定义分组导致蛋白结构残基大片缺失...
[Rosetta]在Ubuntu 22.04上用Docker安装Rosetta
Rosetta 是计算结构生物学领域最强大的分子建模与设计套件之一,但由于其复杂的依赖环境,编译安装对新手极不友好。本教程将带你通过 Docker 的方式,一键部署官方最新版 Rosetta,并完成你的第一个结构优化任务...
[MMPBSA]深入解读 gmx_MMPBSA 计算结果:从焓、熵到残基分解的结构化解析
已按规范修改公式格式,正文内容未改: 在使用 gmx_MMPBSA 完成结合自由能计算后,gmx_MMPBSA_ana 会输出一个树形结构的结果汇总。该结构严格按照热力学函数的构成进行组织,涵盖了焓变(ΔH)、熵变贡献(-TΔS)...
[DSSP]libdssp 健壮优化:异常错误处理与防御性的优化
在生物信息学领域,DSSP 是计算蛋白质二级结构的黄金标准工具。libdssp 作为其 C++ 库实现,允许开发者在自己的程序中嵌入 DSSP 算法。然而在实际集成过程中,我发现该库在异常处理和线程安全方面存在一些隐患,...
[Conda]环境激活钩子作用与应用
问题引入: 在研究Gromacs的数据分析时,需要用到gmxMMPBSA,需要在conda中创建环境,我在Linux中创建的环境,想要通过mobaXterm实现X11转发,将gmxMMPBSA的数据分析窗口从Linux转发到其他电脑进行分析,但是发现...
Linux安装多个版本的动力学模拟Gromacs工具
由于gromacs动力学模拟工具无法向上兼容,当遇到版本问题时,我们需要在Linux环境下面安装多个版本的gromacs进行动力学模拟。首先我的Linux系统上已经安装了25版本的gromacs,我继续安装24版本的gromacs,其实就...
教你如何写文章->关于写作技术型博客理论型文章的方法论
在此类文章在写作时,前提首先要思考一体件事,即写作的What ?和How? what即你将要写什么,How即:如何将你想表达的网状思考片段,转化为逻辑型树状文章 What在写作时又将分为两类: 1.主题确定: 这一步即决定...
html页面如何不同设备自适应缩放比例(响应式)
在项目中,不少地方需要多设备适应,才能得到更好的用户体验 这是一个自适应的方法 标签方法 <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0, minimum-scale=0.5, max...
