笔者在进行Gromacs动力学模拟时发现，当我们将线程数设置成最大CPU线程数时，性能反而不如减少25%线程时候性能高，大概率是线程过高通信开销过大，因此设计了这个实验来验证笔者的想法与寻找最优线程数。分子动力...

在分子动力学模拟的后处理中，蛋白‑蛋白双链复合物体系的轨迹分析往往比单链蛋白或蛋白‑小分子体系更易出现隐藏错误。笔者在分析一组蛋白双链复合物的100 ns的轨迹时，遇到了自定义分组导致蛋白结构残基大片缺失...

Rosetta 是计算结构生物学领域最强大的分子建模与设计套件之一，但由于其复杂的依赖环境，编译安装对新手极不友好。本教程将带你通过 Docker 的方式，一键部署官方最新版 Rosetta，并完成你的第一个结构优化任务...

在使用 gmx_MMPBSA 完成结合自由能计算后，gmx_MMPBSA_ana 会输出一个树形结构的结果汇总。该结构严格按照热力学函数的构成进行组织，涵盖了焓变（ΔH）、熵变贡献（-TΔS）、结合自由能（ΔG）以及基于残基的能量分...

在生物信息学领域，DSSP 是计算蛋白质二级结构的黄金标准工具。libdssp 作为其 C++ 库实现，允许开发者在自己的程序中嵌入 DSSP 算法。然而在实际集成过程中，我发现该库在异常处理和线程安全方面存在一些隐患，...

前言 在计算生物物理与材料科学的领域，分子模拟的空间与时间尺度始终是一对核心矛盾。全原子分子动力学（AA-MD）能够提供原子级别的更高的精度，但同时计算成本使得模拟超过微秒量级、或超过数十万原子的体系变...

前言 在gromacs动力学中，原始轨迹文件（.xtc/.trr）因周期性边界条件（PBC）和整体平动/转动的存在，无法直接用于定量分析或可视化。本文介绍三类核心预处理方法，分别针对连续轨迹、结构叠合和可视化需求，并明...

引言：一次意外的发现 “为什么我的GROMACS没有gmx hbond中的-life参数？” 当我在Windows终端中输入gmx hbond -h，仔细翻看帮助文档中每一个参数，却始终找不到期待已久的-life选项时，一种困惑油然而生。氢键寿命...

由于gromacs动力学模拟工具无法向上兼容，当遇到版本问题时，我们需要在Linux环境下面安装多个版本的gromacs进行动力学模拟。首先我的Linux系统上已经安装了25版本的gromacs，我继续安装24版本的gromacs，其实就...