前言 在计算生物物理与材料科学的领域，分子模拟的空间与时间尺度始终是一对核心矛盾。全原子分子动力学（AA-MD）能够提供原子级别的更高的精度，但同时计算成本使得模拟超过微秒量级、或超过数十万原子的体系变...

前言 在gromacs动力学中，原始轨迹文件（.xtc/.trr）因周期性边界条件（PBC）和整体平动/转动的存在，无法直接用于定量分析或可视化。本文介绍三类核心预处理方法，分别针对连续轨迹、结构叠合和可视化需求，并明...

引言：一次意外的发现 “为什么我的GROMACS没有gmx hbond中的-life参数？” 当我在Windows终端中输入gmx hbond -h，仔细翻看帮助文档中每一个参数，却始终找不到期待已久的-life选项时，一种困惑油然而生。氢键寿命...